Ngày 12 tháng 1 năm Cảnh Hưng 43 (1782), ông nhận được lệnh chúa triệu về kinh. Lúc này ông đã 62 tuổi, sức yếu lại quyết chí xa lánh công danh, nhưng do theo đuổi nghiệp y đã mấy chục năm mà bộ "Tâm lĩnh" chưa in được, "không dám truyền thụ riêng ai, chỉ muốn đem ra công bố cho mọi người cùng biết, nhưng việc thì nặng sức lại mỏng, khó mà làm được" ("Thượng kinh ký sự"), ông hy vọng lần đi ra kinh đô có thể thực hiện việc in bộ sách. Vì vậy ông nhận chiếu chỉ của chúa Trịnh, từ giã gia đình, học trò rời Hương Sơn lên đường.

Ra kinh vào phủ chúa xem mạch và kê đơn cho thế tử Trịnh Cán, ông được Trịnh Sâm khen "hiểu sâu y lý" ban thưởng cho ông 20 xuất lính hầu, và bổng lộc ngang với chức quan kiểm soát bộ Hộ để giữ ông lại. Nhưng ông giả ốm không vào chầu, sau lại viện cớ tuổi già mắt hoa, tai điếc thường ốm yếu để được trọ ở ngoài. Bọn ngự y ghen tỵ với Lãn ông không chịu chữa theo đơn của ông, nên thế tử không khỏi, ông biết thế nhưng không hề thắc mắc với bọn thầy thuốc thiếu lương tâm này, kết quả để sớm thoát khỏi vòng cương tỏa của quyền thần, danh lợi.

Thời gian ở kinh đô, ông nhiều lần xin về thăm cố hương Hải Dương, nhưng mãi đến tháng 9 năm 1782, sau chúa Trịnh mới cho phép ông về. Không lâu sau, ông lại có lệnh triệu về kinh vì Trịnh Sâm ốm nặng. Về kinh ông chữa cho Trịnh Sâm khỏi và cũng miễn cưỡng chữa tiếp cho Trịnh Cán. Trịnh Sâm lại trọng thưởng cho ông. Ông bắt buộc phải nhận nhưng bụng nghĩ: "Mình tuy không phải đã bỏ quên việc ẩn cư, nhưng nay hãy tạm nhận phần thưởng rồi sau vứt đi cũng được" ("Thượng kinh ký sự").

Sau khi Trịnh Sâm chết vì bệnh lâu ngày sức yếu, Trịnh Cán lên thay, nhưng Trịnh Cán cũng ốm dai dẳng nên "khí lực khô kiệt", khó lòng khỏe được. Do nóng lòng trở về Hương Sơn, nhân có người tiến cử một lương y mới, Lê Hữu Trác liền lấy cớ người nhà ốm nặng rời kinh, ông rất vui mừng. Ngày 2 tháng 11 (năm 1782) Lãn ông về đến Hương Sơn.